咖啡豆作为咖啡樱桃中的种子，在采摘完成后到能发往全世界的消费者之前要进行处理，处理的目的是去除咖啡豆上容易腐烂变质的果肉部分，同时减少咖啡豆中的含水量到11%-12%以增加咖啡豆的保存时间，减少在路途和储存过程中品质下降的可能性。由于不同的处理方法也会对咖啡风味产生不同的影响，处理法也成为了影响咖啡品质和风味的重要影响因素。
日晒法（natural process）作为最传统的处理法，在咖啡由欧洲人传遍世界之前就已经被用来处理和保存咖啡了。最传统的日晒法就是把咖啡樱桃收获后，放在太阳下经过2-3周左右的暴晒，咖啡果肉中的含水量大幅降低，果肉和果胶就可以很容易的与咖啡豆进行分离，这样咖啡豆就能够产期保存。日晒法成本很低，也不需要什么特殊的机器设备只需要一块场地进行晾晒，这也导致一些低质咖啡豆采用日晒法来降低成本，影响了一部分咖啡爱好者心中对于日晒的评价。其实优质的日晒豆会让果肉部分渗入咖啡豆中，增强了咖啡的水果香气，还会给咖啡带来更高的甜度以及厚重感。但这依赖于日晒过程中的精细化管理，例如及时的对咖啡果进行翻晒，防止不通风且不均匀的干燥下咖啡果肉的腐烂发酵，影响咖啡豆的品质。
水洗法（wash process）最早是荷兰人在印尼发展出的处理方法。印尼相对于埃塞也门来说在咖啡成熟时更加潮湿多雨，很难找到长期的晴好天气，咖啡果容易受潮变质。为了解决这个问题开发专门的机械刮去咖啡上面的果肉，并把剩下的咖啡豆放入发酵池中并加入清洁的水，通过咖啡豆在水中的厌氧发酵来去除黏着在其上的果胶。经过大概一天左右的发酵，捞出后进行晾晒，相对于需要干燥整个咖啡樱桃的日晒法，单纯的咖啡豆需要的时间更短，并且咖啡豆上容易腐烂的部分都已经去除了这样更有利于咖啡品质的稳定。水洗法因为需要更多的设备设施投入，以及大量干净的水导致其相对于日晒更高的处理成本，但因为整个过程中更加可控，咖啡豆品质更容易保持同一水准，让水洗豆长期都被作为精品豆到市场上推广。豆子在水池中发酵时产生的物质会增强咖啡中的酸度，并且相对于日晒复杂的香气，水洗豆会比较干净简单易分辨。虽然水洗法对于阳光气候的依赖性减小了，当却需要大量的水这对于一些缺水地区很难使用。即便是不缺水的地区这些参与发酵的水如果不通过处理之间排放到自然水体中，会污染河流湖泊造成其富营养化，危害自然环境。
蜜处理法（honey process）哥斯达黎加发明并广泛使用的处理法，接近于加强版的日晒法，但却使用了水洗法中刮出果肉的机子，但却不像水洗那样把果肉尽量去除干净，而是根据农民对于后期发酵程度的需要调整保留果肉的多寡。然后再经行晾晒，相对于日晒法来说因为没有了果皮的保护，果肉直接与外界接触会使得微生物在上面快速繁殖，给咖啡豆带来大量且浓厚的发酵水果香气，例如热带水果香甚至发酵出葡萄酒的气味。但如此强烈且复杂的发酵过程一方面需要农民经行更加频繁的翻晒和观察，另一方面只有经验老道且抗风险能力更强的庄园主才能驾驭，小农很难采用这种激进高风险的处理法。
以上三种是最常见的三种处理方式，当然不同地区自然条件、商业偏好、经济基础甚至于政策都会导致处理方法的因地制宜和改进。例如是在地面日晒还是在非洲高床上日晒，水洗是单次发酵还是向肯尼亚的二到三次发酵，干燥是采用阳光自然日晒还是机械烘干等等。并且随着市场上对于高品质咖啡豆的追捧，以及消费者越来越喜欢带有复杂且独特的香味的咖啡，处理法也在不断改进与提升。这几年各种各样新的方法层出不穷，例如利用葡萄酒、白兰地、朗姆酒等酒桶经行发酵的，采用人工培育替代原生酵母菌经行发酵的，利用啤酒或者葡萄酒设备经行厌氧发酵的等等各种方式不断进入大家的视野。虽然这些处理法并不会受到所有人的欢迎，技术上也还在摸索阶段但大方向上还是朝着更可控的出品品质，以及更加诱人的产品所努力。